El Museu Arqueològic de Deià va ser fundat el 1962 per William i Jacqueline Waldren com un petit museu dedicat a l’exploració, excavació i estudi de la prehistòria de les Illes Balears.

La seva tasca d’investigació es centra al voltant d’unes troballes d’interès local i internacional a les coves i jaciments de Muleta i de Son Matge.

A través dels fòssils trobats Waldren sosté que una de les espècies d’animals prehistòrics, el Myotragus, va arribar a les Illes fa entre sis o vuit milions d’anys. I que es va extingir fa 20 mil o quaranta mil anys, probablement degut a problemes d’adaptació amb altres espècies.

Segons els descobriments William Waldren demostra la seva presència fins el 4.000 a.C. A més afirma que els humans varen conviure amb aquesta espècie demostrant presència humana molt més prest del que es coneixia fins aleshores.

El Museu destaca per la seva col·lecció arqueològica i pel seu disseny interior. Està ubicat a un antic molí, un dels edificis més antics de Deià, renovat de tal manera que el visitant sembla que s'endinsi dins una de les coves on s'hi han trobat les restes que s'hi exposen.